기가픽셀 및 전체 슬라이드 이미지 어노테이션 도구 비교

QuPath와 ASAP는 한 사람이 전체 슬라이드 병리 스캔을 윤곽 표시하고 분석하는 무료 데스크톱 프로그램이고, Cytomine과 Digital Slide Archive는 연구실의 슬라이드를 하나의 서버에 보관하는 무료 웹 플랫폼이며, V7은 견적으로 가격이 정해지는 호스팅 플랫폼입니다. Potato는 여러 어노테이터가 같은 슬라이드나 대형 모자이크에 윤곽을 그리는 연구를 위한 무료 자체 호스팅 대안입니다. Potato는 브라우저에서 슬라이드를 타일 단위로 열고, QuPath GeoJSON과 ASAP XML을 가져오고 내보내며, 박스와 다각형에 대한 어노테이터 간 일치도를 우연 보정하여 보고합니다.

기가픽셀 이미지는 약 10억 픽셀이며, 브라우저는 이런 크기의 이미지를 하나의 그림으로 열 수 없습니다. 뷰어는 대신 이미지 피라미드를 사용합니다. 이미지 피라미드는 이미지의 사본을 해상도를 절반씩 줄여 가며 저장하고 각 사본을 작은 타일로 자릅니다. 뷰어는 현재 배율에서 화면에 보이는 타일만 가져옵니다. 전체 슬라이드 이미지는 이러한 피라미드로 저장된 스캔된 현미경 슬라이드이며, Aperio .svs, Hamamatsu .ndpi, 3DHISTECH .mrxs 같은 벤더 형식으로 저장됩니다(디지털 병리학 참조). 국제 이미지 상호운용성 프레임워크(IIIF)는 도서관과 아카이브가 이러한 이미지를 제공하고 이미지 시퀀스를 기술하는 웹 API를 정의합니다.

아래 비교는 병리 슬라이드부터 항공 모자이크와 IIIF 컬렉션까지, 하나의 파일로 열 수 없을 만큼 큰 이미지를 어노테이션하는 도구를 다룹니다. Deep Zoom으로 하는 기가픽셀 이미지 어노테이션은 Potato의 뷰어와 모든 옵션을 설명합니다. 의료 영상 및 임상 텍스트 어노테이션 도구 비교는 CT와 MR 볼륨 및 임상 노트를, 이미지 어노테이션 도구 비교는 일반 사진과 포인트 클라우드를 다룹니다.

비교할 만한 기가픽셀 어노테이션 도구

라이선스, 가격, 대형 이미지 지원은 2026-11-02 기준 각 프로젝트의 자체 페이지에서 가져왔습니다.

QuPath의 사이트는 QuPath가 임상, 진단, 치료 목적을 위한 것이 아니라고 밝힙니다. Potato는 임상 또는 규제 승인이 없는 연구용 소프트웨어입니다.

작업별 적합한 도구

이 표는 대형 이미지 프로젝트의 종류마다 그 종류에 맞게 만들어진 도구를 짝짓습니다.

슬라이드 형식과 타일 피라미드

QuPath는 OpenSlide와 Bio-Formats 라이브러리를 통해 전체 슬라이드 이미지를 읽습니다. QuPath의 형식 페이지는 NDPI를 잘 지원되는 것으로, MRXS를 제한적으로 지원되는 것으로 평가합니다. Digital Slide Archive는 Python 인터페이스를 통해 새 형식을 받아들이고, V7은 어노테이터가 타일 파일을 하나의 이미지로 작업할 수 있게 합니다.

Potato의 image_annotation 스킴은 viewer: deepzoom을 받습니다. Deep Zoom 뷰어는 OpenSeadragon으로 이미지를 그리고 그 위에 어노테이션 캔버스를 겹칩니다. Potato는 .svs, .ndpi, .mrxs, .scn, .vms, .vmu, .bif, .svslide 형식의 전체 슬라이드 파일을 openslide로 읽으며, 슬라이드 자체의 피라미드에서 한 번에 타일 하나씩 읽습니다. 슬라이드 지원에는 wsi 추가 패키지가 필요합니다. 이 추가 패키지는 openslide-python, openslide-bin, tifffile을 설치합니다.

pip install "potato-annotation[wsi]"

대형 항공 TIFF 같은 평면 이미지에는 자체 피라미드가 없습니다. Potato는 평면 이미지의 각 레벨을 그 레벨의 타일이 처음 요청될 때 만듭니다. 각 레벨마다 Potato는 원본을 한 번 디코딩합니다. Potato는 tiles.max_pixels를 올리지 않는 한 640메가픽셀이 넘는 레벨의 생성을 거부합니다. 여러 레벨을 가진 타일 TIFF는 이런 디코딩이 필요하지 않습니다. wsi 추가 패키지가 설치되어 있으면 openslide가 타일 TIFF를 TIFF 자체의 레벨에서 읽습니다. Potato는 모든 피라미드를 DZI로, 그리고 /media/iiif/<path>/info.json에서 IIIF Image API 3.0으로 제공합니다. Mirador와 다른 IIIF 클라이언트는 그 경로에서 같은 이미지를 열 수 있습니다.

같은 슬라이드에 대한 여러 어노테이터

종양 면적을 보고하는 연구에서는 병리 전문의마다 같은 종양 경계를 다르게 그리기 때문에 각 슬라이드를 둘 이상의 어노테이터에게 보냅니다. QuPath와 ASAP는 한 사람의 컴퓨터에서 실행되며, 두 프로그램의 페이지에서 슬라이드를 여러 어노테이터에게 배정하는 방법은 찾지 못했습니다. Cytomine은 프로젝트의 작업을 팀원 사이에 공유하고, Digital Slide Archive는 사용자나 역할별로 접근을 제어하며 어노테이션 검토를 포함합니다.

Potato는 num_annotators_per_item이 정한 수의 어노테이터에게 각 슬라이드를 배정하고, 모든 어노테이터의 영역을 그 어노테이터의 이름 아래 유지합니다. Potato는 Deep Zoom 뷰어를 쓰든 쓰지 않든 모든 image_annotation 스킴에 대해 기하에 대한 일치도를 보고합니다. 보고서는 검출, 분류, 위치 파악을 따로 제시합니다. 위치 파악에서 Potato는 같은 슬라이드의 어노테이터를 서로 비교하며, 우연 기준선은 서로 다른 슬라이드에 있는 어노테이션 쌍에서 구합니다. 공간 라벨에 대해 우연 보정된 일치도를 보고하는 다른 어노테이션 플랫폼은 찾지 못했습니다. 바운딩 박스에 대한 어노테이터 간 일치도를 측정하는 방법이 그 방법을 설명합니다.

Potato에서 하는 병리 전문의 두 명의 슬라이드 연구

아래 구성은 모든 슬라이드를 두 어노테이터에게 보냅니다. 각 어노테이터는 종양 영역을 다각형으로 윤곽 표시하고 유사분열 군집을 박스로 표시합니다. 일치도 보고서는 두 도형을 모두 포함하며, 전체 구성은 Potato의 검증기를 통과합니다.

annotation_task_name: Tumor regions on whole-slide images
task_dir: .
output_annotation_dir: annotation_output/
media_directory: media
data_files:
  - data/slides.json
item_properties:
  id_key: id
  text_key: note
user_config:
  allow_all_users: true
  users: []
 
# Two pathologists outline every slide, and each pathologist's regions are kept apart
num_annotators_per_item: 2
agreement_metrics:
  enabled: true
 
annotation_schemes:
  - annotation_type: image_annotation
    name: regions
    description: "Outline each tumor region and box each cluster of mitoses."
    source_field: image
    viewer: deepzoom
    tools: [polygon, bbox, landmark]
    labels:
      - {name: tumor, color: "#c0397b"}
      - {name: mitosis cluster, color: "#5b2c86"}
      - {name: artifact, color: "#7f8c8d"}

data/slides.json의 각 항목은 {"id": "slide_01", "image": "case_01.svs", "note": "Case 01"}처럼 media/ 아래의 슬라이드 이름을 지정합니다. 일치도 보고서는 두 어노테이터가 같은 슬라이드를 마치면 /admin/iaa에 나타납니다. Potato는 좌표를 전체 해상도 슬라이드에 대한 비율로 저장합니다. /media/tiles/<slide>.dzi?format=json의 타일 기술자는 영역을 마이크론으로 변환할 때 쓰는 슬라이드의 픽셀당 마이크론 값을 제공합니다.

Potato의 QuPath GeoJSON과 ASAP XML

Potato 2.13부터 potato import는 QuPath GeoJSON과 ASAP XML을 읽고 각 영역 파일을 같은 이름의 슬라이드와 짝짓습니다. 아래 첫 번째 명령은 모든 어노테이터가 수정할 사전 어노테이션으로 영역이 나타나는 프로젝트를 만들고, 두 번째 명령은 각 어노테이터의 영역을 레벨 0 슬라이드 픽셀 단위로 QuPath GeoJSON에 다시 씁니다.

potato import -i case_01.geojson --image-dir /data/slides -o case-project
python -m potato.export -c case-project/config.yaml -f qupath_geojson -o out/qupath

내보내기는 어노테이터와 슬라이드마다 파일 하나를 쓰며, -f asap_xml은 대신 ASAP XML을 씁니다. 라벨은 QuPath 분류와 ASAP 그룹이 됩니다. 가져오기는 슬라이드당 최대 50,000개 영역까지 읽습니다. QuPath에서는 어노테이션만 내보내고 세포 검출은 파일에서 제외하세요. 옵션은 현미경 페이지에서 다룹니다.

항공 모자이크와 IIIF 컬렉션

대형 항공 및 드론 모자이크는 슬라이드와 같은 Deep Zoom 뷰어에서 열립니다. 640메가픽셀을 넘는 모자이크는 타일 피라미드 TIFF로 저장하거나, tiles.max_pixels를 서버 메모리가 허용하는 값으로 올리세요. Deep Zoom 뷰어는 영역을 지도 좌표가 아니라 이미지에 대한 비율로 저장합니다. 어노테이션이 GIS에 정확히 자리 잡아야 한다면, 어노테이터는 직접 호스팅하는 GeoTIFF나 XYZ 타일 위의 OpenLayers 지도에서 geo_annotation 스킴으로 그리고, Potato는 각 응답을 EPSG:4326의 GeoJSON으로 저장합니다.

IIIF 컬렉션의 경우 potato import -f iiif는 IIIF Presentation 매니페스트를 읽어 캔버스마다 항목 하나를 만듭니다. 가져오기는 각 캔버스를 이미지 자체 URL에서, 또는 기본적으로 2,000픽셀 정사각형에 맞춘 캔버스의 Image 서비스에 대한 요청에서 하나의 그림으로 불러옵니다. 가져온 매니페스트의 어노테이터는 타일이 아니라 이미지 하나를 봅니다. iiif_annotations 내보내기는 영역을 매니페스트 사본 옆에 W3C 어노테이션 페이지로 쓰며, Mirador와 Universal Viewer는 영역이 표시된 상태로 그 사본을 엽니다. Annotorious는 OpenSeadragon과 IIIF 뷰어에 어노테이션을 추가하는 BSD 라이선스 JavaScript 라이브러리입니다. Annotorious는 자체 뷰어를 만드는 팀에 맞습니다. 디지털 인문학은 Potato의 IIIF 기능을 한곳에 모았습니다.

기가픽셀 이미지에서 Potato가 하지 않는 일

• 사전 학습된 세포나 조직 검출기 없음. Potato는 슬라이드용 검출 또는 분할 모델을 제공하지 않습니다. 버전 2.14부터 Potato는 연구의 어노테이터가 그린 영역으로 검출기나 분할 모델을 학습시킵니다. Potato는 학습과 예측을 위해 각 슬라이드를 타일로 자르고, 예측된 영역은 어노테이터가 수정할 사전 레이블로 슬라이드 전체에 돌아갑니다. QuPath는 세포와 조직을 검출하고 픽셀 분류기를 학습하며, HistomicsTK는 핵 분할과 색상 디컨볼루션을 다룹니다.
• QuPath나 ASAP 내보내기에 마스크 없음. Deep Zoom 이미지의 브러시 마스크는 마스크 버퍼가 GPU 텍스처가 아니라 이미지 픽셀을 인덱싱하므로 텍스처 크기 상한 없이 원본의 전체 해상도로 저장됩니다. QuPath와 ASAP 내보내기는 도형만 씁니다. 영역을 QuPath나 ASAP로 되돌려 보낼 때는 슬라이드 영역을 다각형으로 그리세요.
• Deep Zoom에서 영역 인식 채우기 없음. Deep Zoom 페이지에는 색상을 읽을 단일 원본 이미지가 없습니다. 채우기 도구는 빈 마스크 영역을 채우는 방식으로 대체됩니다.
• 저장소에 마이크론 좌표 없음. 영역은 슬라이드에 대한 비율로 저장되며, 내보내기는 레벨 0 픽셀을 씁니다.
• 관리형 인력 없음. 어노테이터를 직접 데려오거나 Prolific에서 모집하세요.

우리는 2026-11-02에 모든 셀을 각 프로젝트 자체의 문서와 가격 페이지와 대조해 확인했습니다. 틀린 셀이 있다면 알려 주세요.

자주 묻는 질문

병리 슬라이드에는 어떤 기가픽셀 이미지 어노테이터를 써야 하나요?

병리 전문의 한 명이 데스크톱 컴퓨터에서 슬라이드를 어노테이션하고 분석한다면 QuPath를, 슬라이드를 공유 서버에 보관하는 연구실이라면 Cytomine이나 Digital Slide Archive를 사용하세요. 여러 어노테이터가 같은 슬라이드에 윤곽을 그리고 연구가 어노테이터 간 일치도를 보고한다면 Potato를 사용하세요. Potato는 SVS, NDPI, MRXS와 openslide가 읽는 다른 형식을 읽고, QuPath 및 ASAP와 영역을 주고받습니다.

항공 및 위성 모자이크에는 어떤 기가픽셀 어노테이션 도구가 맞나요?

Potato의 Deep Zoom 뷰어는 항공 및 위성 모자이크를 타일 피라미드로 엽니다. Potato는 타일 피라미드 TIFF로 저장된 모자이크를 이미지 전체를 디코딩하지 않고 읽습니다. V7은 한 변이 10,000픽셀을 넘는 모든 파일을 타일로 나누며, 명시된 최대치는 한 변 65,535픽셀입니다. 어노테이션에 지도 좌표가 필요하다면 어노테이터는 GeoTIFF나 호스팅된 XYZ 타일 위에서 Potato의 geo_annotation 스킴으로 그리고, Potato는 EPSG:4326의 GeoJSON을 저장합니다.

전체 슬라이드 이미지를 위한 AI 기가픽셀 어노테이터가 있나요?

QuPath는 내장 세포 및 조직 검출과 픽셀 및 객체 분류를 위한 대화형 머신러닝을 갖추고 있으며, Cytomine은 세포 계수와 종양 경계 표시 같은 분석 앱을 실행합니다. Potato는 슬라이드용 검출 모델을 제공하지 않습니다. Potato는 QuPath GeoJSON이나 ASAP XML 파일의 영역을 모든 어노테이터가 수정할 사전 어노테이션으로 가져옵니다. 버전 2.14부터 Potato는 어노테이터 자신의 영역으로 검출기나 분할 모델도 학습시키고 모델의 영역을 사전 레이블로 되씁니다.

더 읽을거리

• Deep Zoom으로 하는 기가픽셀 이미지 어노테이션, 모든 뷰어 옵션
• 현미경, 형광 이미지와 슬라이드 가져오기 및 내보내기 명령
• 현미경과 병리, Potato의 현미경 기능을 한곳에서 확인
• 의료 및 임상 어노테이션
• 의료 영상 및 임상 텍스트 어노테이션 도구 비교
• 이미지 어노테이션 도구 비교
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